Ateneu Cultural Ciutat de Manises es una asociación asamblearia cuyo órgano de gobierno es la Asamblea General de Asociados, formada por todos los asociados. La misma se encarga de la aprobación de los Estatutos, en los que se recoge el correcto funcionamiento de la Entidad.
Ésta elige cada 2 años a su órgano de representación (Junta Directiva), encargada de la ejecución del proyecto de actividades, además, vela por el cumplimiento de los fines de la entidad a través de la aplicación de los estatutos.
Para el mantenimiento de una entidad acorde a la realidad de su momento existe el Principio de Cambio Generacional. A tenor de éste se crea la Junta Joven, formada por adolescentes que han vivido y experimentado la realidad social y filosófica de la entidad, con la finalidad de crear referentes, actualizar la entidad, dar voz y responsabilidad a la juventud; siendo la encargada del cambio social del futuro. Además, bajo este principio, se establece que los jóvenes que obtengan las titulaciones correspondientes sustituirán al profesorado actual de la entidad, garantizando un ciclo y la renovación.
Son 4 los libros que custodia y actualiza constantemente la Entidad, a los cuales puede acceder cualquier asociado siempre que lo solicite y firmando los correspondientes formularios de la R.G.P.D.
Los diferentes proyectos están coordinados por el Equipo Técnico/Directivo, éste se reúne semanalmente con el fin de dirigir y coordinar todas las actividades por delegación y supervisión de la Junta Directiva. Actúa como técnico en el desarrollo de actividades de la asociación y como directivo en la Escuela.